Atlantide, l'empire perdu

Un vers de Platon rappelle des faits désormais oubliés. Une énorme vague submerge l'île de l'Atlantide tandis qu'une explosion détruit le cœur de l'île au grand désarroi du roi. Alors que la population évacue la capitale, la reine tente de protéger sa fille Kida mais elle est happée par un rayon bleuté qui utilise son corps comme vecteur pour créer une barrière protégeant le centre de la ville. La ville est alors submergée par les flots et plonge sous l'océan.

Des milliers d'années plus tard en 1914, Milo Thatch, expert linguiste et cartographe, travaille dans la chaufferie d'un musée du Smithsonian Institution de Washington D.C. Tout comme le faisait Thaddeus Thatch, son grand-père, il est obsédé par la recherche du Manuscrit du Berger – ouvrage qui, d'après la légende, n'est autre qu'un guide menant à l'Atlantide, la fameuse cité engloutie. Il doit présenter ses recherches à un comité du musée, mais ce dernier s'arrange pour annuler la réunion. Il croise le comité dans les couloirs, mais ses théories sur l'Atlantide sont tournées en dérision par ses collègues du musée. Milo poursuit le directeur à l'extérieur, mais l'homme refuse de subventionner une expédition pour retrouver le Manuscrit en Islande. Déçu, Milo donne sa démission.

Alors qu'il rentre chez lui, Milo est accosté par une mystérieuse jeune femme, Helga Sinclair, qui l'emmène chez Preston Whitmore, un vieux millionnaire excentrique et ami de longue date de son grand-père. Whitmore annonce qu'il finançait les recherches de Thaddeus et que le Manuscrit avait été retrouvé comme prévu en Islande. Afin de rembourser une dette morale, Whitmore finance une nouvelle expédition avec une équipe de talents pour aller découvrir l'Atlantide, Milo faisant partie de l'équipe s'il accepte.

Milo accepte et rejoint l'équipe dirigée par le commandant Lyle Tiberius Rourke, chef de l'expédition en Islande, secondé par Helga Sinclair. L'équipe compte un expert en démolition italien, Vincenzo Santorini, un géologue français, Gaëtan Molière surnommé "la taupe", un médecin afro-américain, Amadou Gentil, une jeune mécanicienne sud-américaine, Audrey Ramirez, une opératrice téléphonique âgée, M^me Placard et un chef cuisinier sorti du Far West, Jebidiah « Cookie » Farnsworth. Avec un important équipage, ils montent tous à bord d'un énorme sous-marin avant-gardiste, l'Ulysse, et se dirigent vers l'Islande. Une fois dans les profondeurs, ils croisent la route d'un monstre, une écrevisse géante apparemment mécanique, le Léviathan. Le monstre robotique détruit le sous-marin Ulysse mais une partie de l'équipage parvient à entrer dans la caverne en forme de siphon qui selon le Manuscrit du Berger permet de rejoindre l'Atlantide.

Le siphon a permis de créer une poche d'air et l'équipage l'utilise pour s'enfoncer dans les profondeurs souterraines de l'immense réseau de cavernes. Ils découvrent un volcan endormi pouvant, selon Molière, se réveiller à la moindre explosion, et des ruines d'édifices gigantesques. Une nuit, un incendie ravage le camp tandis que des indigènes les attaquent. L'équipage poursuit sa découverte des cavernes et franchit un long pont de bois menant à une île-ville à la végétation luxuriante: L'Atlantide. Ils sont accueillis par une jeune femme, Kida, et découvrent que les Atlantes comprennent toutes les langues. Malgré cet accueil, le vieux roi Nedakh demande aux aventuriers de partir. Rourke le convainc de rester une nuit. Découvrant que Milo réussit à lire l'écriture Atlante, Kida le fait plonger jusqu'au cœur de l'Atlantide pour traduire une immense fresque immergée. Ce décor mural explique l'origine du pouvoir du cristal qui donne la force et la longévité aux Atlantes, Kida ayant plus de 6 000 ans. Milo découvre aussi que le Manuscrit du Berger est incomplet et qu'une page manque. Kida et Milo remontent à la surface et sont reçus brutalement par Rourke qui tient la page manquante. Cette page explique la puissance du cristal dissimulé sous le regard du roi. Rourke annonce qu'il veut le cristal pour le remonter à la surface et le vendre. Il blesse mortellement le roi durant son interrogatoire mais, avec ces indices, découvre seul l'accès au cristal, une pièce sous la salle du trône. Rourke descend dans la pièce avec Milo, Kida et Helga, mais le cristal réagit et sous le coup de la menace fusionne avec Kida.

Avant de mourir, le roi explique que le cristal a développé une conscience et qu'il utilise le corps d'un membre de la famille royale quand il est en danger, mais que s'il part la ville sera détruite. Kida est mise dans une cage de métal et emmenée par Rourke et ses soldats. Milo tente de raisonner les experts de l'équipage et leur demande de sauver Kida et l'Atlantide. Rourke, Helga et les soldats emmènent Kida, mais abandonnent Milo et les dissidents. Milo ayant reçu du roi son cristal, il montre aux Atlantes comment s'en servir pour activer des machines volantes. Elles permettent de poursuivre Rourke et de le rattraper alors qu'il tente de sortir de la cheminée du volcan à bord d'une montgolfière. La bataille s'engage, Rourke montre sa vraie nature et jette sa complice Helga par-dessus bord. Il se bat avec Milo qui, désavantagé par sa carrure, parvient à le blesser avec un morceau de cristal. Rourke se transforme, succombe à la folie et chute du ballon, mais toute cette activité, tirs de fusils et explosions, réveille le volcan. Milo demande à tous de ramener Kida à Atlantide. Là, sous sa forme de cristal, elle active des géants de pierre qui créent un bouclier protégeant la ville de la coulée de lave inondant la caverne. Une fois la lave refroidie, le bouclier d'énergie fracture le dôme recouvrant la cité puis l'eau et la vie reprennent leur cours. Les survivants de l'équipage sont couverts de cadeaux par les Atlantes tandis qu'ils repartent vers la surface, laissant Milo auprès de Kida, qui s'aiment tous les deux. Les survivants résument leurs aventures à Whitmore, mentant sur de nombreux points, mais une lettre de Milo explique qu'il reste pour reconstruire l'Atlantide et lui offre un cristal.